نظریة «نفس کلی و نفوس افلاک» در این مقاله با توجه به بطلان مبانی آن که از طبیعیات قدیم گرفته شده، ابطال گردیده و تأثیر آن بر فهم صدرا از آیات قرآن مورد نقد و بررسی قرار گرفته است. به این منظور، با بررسی تمام کتب تفسیری و فلسفی صدرا، مواردی که او آیات قرآن را بر نفس کلی و یا نفوس افلاک منطبق کرده، جمع آوری شده است. سپس با توجه به سایر آیات، روایات، معنای ظاهری و سیاق آیات و قرائن موجود در آنها، معنای آن آیات به دست آمده و با توجه به خصوصیاتی که برای نفس کلی و نفوس افلاک در فلسفه ذکر شده، صحت و سقم انطباق آن آیات بر این نظریة، معلوم و این نتیجه به دست آمده است که نمی توان هیچ یک ازچهارده موردی را تأیید کرد که صدرا آیات قرآن را بر این نظریه تطبیق کرده است.